“普惠医塾”的构想一经提出，便遭到了太医署内保守势力的强烈反对，认为这是“淆乱学统”、“轻启贱业”。但凌云得到了魏征和杜谦的暗中支持，医药署内部也有一批年轻有为的官员积极响应。他顶住压力，利用医药署的部分经费和张家等受过恩惠的富商捐赠，在城南择一宽敞旧宅，修缮改造，挂起了“普惠医塾”的匾额。
医塾的招生对象，主要是略通文墨、有志于医道的贫寒子弟，以及一部分渴望提升医术的民间郎中。教学内容，则由凌云亲自拟定，分为基础与临床两部分：
· 基础部：并非简单背诵《内经》《伤寒》，而是由凌云主导，编写了一套浅显易懂的《医学启蒙》教材，融合了中医基本理论（阴阳五行、脏腑经络）和他简化提炼的现代解剖生理常识（用气血津液、官窍功能等传统概念包装）。他还请画师绘制了精确的人体骨骼、脏腑图谱（当然，经过了符合时代审美的修饰），用于直观教学，这在当时堪称石破天惊。
· 临床部：则注重实践。邀请太医署和民间各有专长的良医（如擅长伤寒的、精通疮疡的）前来授课，分享经验。更重要的是，医塾与附近的惠民药局及几家合作医馆挂钩，学员可以在指导下参与实际诊疗，从抄方、辨识药材开始，逐步接触病人。
凌云本人，更是医塾的灵魂人物。他定期亲自授课，讲的不仅是医术，更有医德。他反复强调：“医者，非为牟利，乃为活人。见彼苦恼，若己有之。” 他那些关于卫生预防、严谨诊断的理念，也通过医塾这个平台，潜移默化地影响着第一批学员。
教学过程中，凌云发现了几棵好苗子。一个叫石柱的农家子弟，虽然识字不多，但记忆力超群，对药材性状有过目不忘之能；一个叫林婉娘的孤女，心思缜密，在护理和观察病情方面展现出非凡的耐心和天赋；还有一个原为落魄书生、名叫徐子谦的年轻人，悟性极高，善于思考，对凌云提出的许多新理念接受最快，并能提出有见地的疑问。
凌云对这几人格外留意，悉心指点，甚至将一些更深层的知识（如更精确的脉诊技巧、简易的外伤处理原则）私下传授。他仿佛看到了未来医学星火的传承者。
然而，医塾的顺利发展，再次刺痛了某些人的神经。孙万年和王医监等人，将医塾视为凌云的“私人势力”和“异端学说”的传播基地，恨之入骨。他们不敢再直接攻击医塾本身（因为带有惠民性质，且有名流支持），便转而从学员身上下手。
一日，石柱老家来人，称其母病重，急需用钱。石柱心急如焚，向医塾告假。离京后不久，便有人在坊间散布谣言，说石柱卷走了医塾的公款，甚至暗示其与城南一些地痞有染，品行不端。消息传回，医塾内议论纷纷，对石柱的人品产生了怀疑。
几乎同时，林婉娘在惠民药局帮忙时，被一个刁蛮的病患家属诬陷偷窃财物，虽然最终澄清，但过程屈辱，让这个本就敏感内向的女孩备受打击。
而徐子谦则收到一封匿名信，信中详述了他家族昔日的一桩不大不小的丑闻，并威胁若他继续留在医塾追随凌云，便将此事公之于众，让他身败名裂。
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