奥米加兽来到了总控室，看到了一些自己都不知道的事情。
奥米加兽：公爵兽，你得信念到底是什么，又要我如何看待世界和数码兽们，还有，世界树真正的意思到底是什么。
这时候金甲龙兽从奥米加兽的背后走出来，看着奥米加兽开口道：这是世界树的意志。
奥米加兽大为吃惊道：什么？
金甲龙兽：我们不过是他的棋子。
这是为什么，奥米加兽问道。
金甲龙兽：谁知道，世界树的想法，我完全不了解。
而在另一边的阿尔法兽他们再也忍不住了，世界树这决定。
众多皇家骑士也决定，背叛世界树，阻止方舟计划继续进行。
世界树也感知到了他们的情况说道：你们也打算阻止我？随后启动了，不死型多路暴龙兽。
世界树：去，消灭数码世界全部数码兽。
多路暴龙兽们疯狂的嘶吼，离开这里朝远处飞去。
大量的多路暴龙兽疯狂厮杀数码兽，世界快崩溃了，四圣兽他们组织起反抗军正在对抗多路暴龙兽，而由于数量太多，众多究极体的体力和能量也快速的下降，这也导致他们身上出现轻伤。
龙人兽开口道：这也太多了吧，感觉杀不完啊。
四圣兽现在也很狼狈，身上挂着很多多路暴龙兽，在他们身上撕咬，攻击，白虎兽将自己身上的多路暴龙兽尽数打掉，并发动技能：金刚，让那些疯狂数码兽全部变成金属不能动弹，然后打碎。
皇家骑士也出动了，不管这次是为了保护数码兽，一个皇家骑士负责一个地区，而阿尔法兽决定去找世界树，让他放弃方舟计划，并消除X病毒，让数码世界回到正轨。
阿尔法兽来到皇家骑士总部，正准备前往深处，这时候奥米加兽也出现了。
阿尔法兽：你是来阻止我的吗，奥米加兽。
奥米加兽：不，我是准备去见世界树。
两者不约而同的朝着世界树所在的方向走起，这时候金甲龙兽挡在他们两个面前。
金甲龙兽：皇家骑士就是为了世界树的意志，来管理数码世界的秩序的。
你们这样做，就是背叛世界树，你们这是误入歧途。
奥米加兽：嗯，就像我的挚友，公爵兽做的那样。
金甲龙兽，让开。
小老弟看着两位大哥直接从自己身边走去，低下头，然后把情况告诉给世界树了。
阿尔法兽和奥米加兽来到了一个空间，并没有看到世界树，两人东张西望的看着这个空间，突然一个巨大的数码兽出现。
这难道是世界树创造的数码兽吗，两者说罢就冲了上去，没几个回合，奥米加兽就被打飞出去，阿尔法兽用自己的技能：数码之魂，打在暗亡兽身上，这时候诡异的一幕出现了。
阿尔法兽的身上也出现了伤势，阿尔法兽震惊。
阿尔法兽：我明明没有被攻击到，为何我的身上也出现了伤势。
他并没有管自己的伤势，召唤出圣剑继续朝着暗亡兽攻击去，每打一下，暗亡兽身上有多少伤，阿尔法兽身上也同样出现伤势。
阿尔法兽明白了，自己和他是一体的存在，奥米加兽这时候也重新加入战场，加鲁鲁炮连续发射，打在暗亡兽身上，这也让阿尔法兽的身体更加严重。
阿尔法兽：奥米加兽，你现在的想法是什么，找世界树是为什么。
阿尔法兽知道，自己和暗亡兽这样下去，不是办法，这样是见不到世界树的，所以他把宝压在奥米加兽身上。
奥米加兽：我找世界树，是为了明白世界和数码兽之间的意义，还有为什么公爵兽会有那样的信念。
阿尔法兽：我明白了，那就拜托你了。
说完，阿尔法兽召唤自己的武器，王龙剑，拿着王龙剑开始投出，然后自己去控制住暗亡兽，王龙剑旋转一圈，直接贯穿阿尔法兽和暗亡兽的身体，奥米加兽看着十分吃惊。
阿尔法兽：你一定要阻止世界树，我把我的力量给你。
阿尔法兽把自己身体内的力量，包括了X抗体，奥米加兽看着阿尔法兽坚定的眼神，接受了阿尔法兽的力量。
奥米加兽发生了蜕变，X进化了，奥米加兽X出现。
奥米加兽X去到空间深处，看到了世界树的核心，并开始发出疑问。
奥米加兽X：世界树，这是你希望的吗。
世界树：世界正在崩溃，帝厉魔也正在苏醒，我必须在他醒过来之前，把世界归零，不然得到他苏醒之时，数码世界的一切都会被消除。
奥米加兽X：现在的数码世界，还能让帝厉魔苏醒吗，难道连你都不能阻止帝厉魔吗。
帝厉魔，是任何人都阻止不了的，包括我，世界树肯定的回答道。
数码世界，多路暴龙兽正在以飞快的速度让数码世界崩溃，由于多路暴龙兽的数量和数据填充，数码世界分崩离析。
奥米加兽X：如果是这样，那就让我来。
奥米加兽X立即发动技能：全部删除，删除了整个数码世界的X病毒，疯狂的多路暴龙兽，并让数码世界开始重置。
原本死亡的数码兽数据开始聚集，变成一颗颗数码蛋，往创始村的方向飞去，皇家骑士看到世界重置后，纷纷的轻了口气，四圣兽们也停止战斗。
七大魔王看着重组的数码世界，开口道：好戏，马上要开始了。
几位魔王找到堕天地狱兽，并让他配合他们接下来的行动。
光明兽：好了，计划马上要开始了，你也希望和那几个最强数码兽战斗吧。
堕天地狱兽看着光明兽，是啊，自己也希望战斗。
堕天地狱兽：好，我答应你，这只是让我不在无聊而已。
看着堕天地狱兽答应，那么计划就可以顺利进行了。
七大魔王从黑暗区域出发，来到网络最深处的皇家骑士总部，然后发动了攻击，在外面的皇家骑士也回来和七大魔王开始了战斗。
双方一时间战斗不相上下，光明兽立即开放出空间，大量黑暗数码兽和邪恶数码兽们出现，并开始攻击网络管理中心。
奥米加兽X从世界树那里出来，看到了七大魔王正在攻击网络中心，直接飞过去攻击他们。
当众人看到全新而又不同的奥米加兽时，所以人的目光看向了他。
皇家骑士们看向奥米加兽道：你是奥米加兽？
奥米加兽X：是的，发生了一点变化。
究极魔兽：我管你发生什么变化，接招吧。
几位魔王的攻击快速的朝着奥米加兽X打去，但是攻击完全落空，几人不信，继续攻击，依旧如此。
光明兽：为什么攻击不到，就算有实力差距，也不可能这样。
巴尔巴兽：他好像提前知道我们要攻击，会攻击哪里。
没错，奥米加兽X的技能：奥米加导读，让读取敌人的动作和下一步的行动，从而躲避或者发动进攻。
奥米加兽X：你们输了。